Investigadores estadounidenses identificaron una serie de nuevas variantes de genomas de coronavirus, incluso en los estados de California, Nueva York y Luisiana, entre otros y continúan aumentando los esfuerzos de secuenciación del virus SARS-CoV-2. Ahora se encuentran ante el desafío de dar sentido a las variantes que se descubren. Muchas contienen mutaciones potencialmente preocupantes y podrían estar volviéndose más comunes. La falta de información sobre cómo se propagan las cepas significa que la amenaza que no está clara.

Jeremy Kamil, virólogo del Centro de Ciencias de la Salud de la Universidad Estatal de Luisiana en Shreveport, codirigió un equipo que detectó una variante de rápido crecimiento en los estados de Luisiana y en Nuevo México. 

En ausencia de datos epidemiológicos o médicos claros, los científicos pueden evaluar algunas de las amenazas potenciales de una variante por las mutaciones que porta. Los investigadores han elaborado una lista cada vez mayor de mutaciones que podrían impulsar la transmisión o ayudar a un virus a evadir las respuestas inmunitarias, basándose en estudios epidemiológicos y de laboratorio.

La variante que se identificó en Nueva York, también conocida como B.1.526, lleva una notoria mutación llamada E484K, que se ha encontrado en variantes identificadas en Sudáfrica y Brasil. Los estudios realizados por varios laboratorios demostraron que el cambio de E484K, que se encuentra en una parte de la proteína de pico de coronavirus que reconoce las células huésped, debilita la potencia de los anticuerpos que normalmente pueden desactivar el virus. Eso podría ayudar a explicar las observaciones de que variantes similares en Sudáfrica y Brasil están detrás de los casos de reinfección y reducción de la eficacia de la vacuna en los ensayos de campo.

Sobre la base de esas preocupaciones, un equipo dirigido por la microbióloga Anne-Catrin Uhlemann de la Universidad de Columbia estableció una red de vigilancia para identificar los virus portadores de E484K en la ciudad de Nueva York. Los primeros casos de la variante B.1.526 aparecieron en noviembre, creciendo al 5% del total de casos de la ciudad a mediados de enero y al 12% en febrero. En las bases de datos públicas de secuenciación, los investigadores encontraron B.1.526 arriba y abajo de la costa noreste de los EEUU, y así como en sitios tan lejanos como Singapur. La notoriedad de E484K también inspiró a un equipo dirigido por Pamela Bjorkman y Anthony West, biólogos estructurales del Instituto de Tecnología de California en Pasadena, a rastrear datos de secuenciación pública, donde detectaron el linaje emergente en Nueva York.

La B.1.526 necesita mucho más estudio. Aún no se ha demostrado que eluda las respuestas inmunitarias y su aparente aumento de frecuencia puede no estar relacionado con ninguna propiedad biológica.

Los esfuerzos de secuenciación reforzados de EEUU están generando variantes con mutaciones nuevas o raramente vistas, que son más difíciles de entender. Kamil se asoció con investigadores en Nuevo México porque también habían observado un aumento en el número de casos causados por una variante, a la que llamaron Pelican, con una mutación que no habían visto antes. Identificaron varias otras variantes en los datos de secuenciación de EEUU que conllevaban un cambio similar.

La mutación, llamada Q677P, se encuentra cerca de una región de la proteína de pico que necesita partirse en dos para permitir que la partícula viral ingrese a la célula huésped. Las mutaciones en esta región ocurren en variantes de propagación rápida como B.1.1.7, pero Kamil dijo que la variante Pelican es, por ahora, para observar y no preocuparse.

Los investigadores en California levantaron una bandera roja sobre las variantes encontradas allí que llevan una mutación de proteína de pico llamada L452R . Un equipo de la Universidad de California en San Francisco (UCSF) descubrió que una variante con la mutación estaba aumentando rápidamente en un barrio de la ciudad: pasó de estar presente en el 16% de las muestras secuenciadas en noviembre a más de la mitad a mediados de enero. Otro equipo de UCSF encontró, en pruebas de laboratorio, que una variante con la mutación L452R era más infecciosa y menos susceptible a los anticuerpos.

Pero muchos investigadores han expresado su escepticismo sobre la importancia de las variantes L452R. La mutación no ha aparecido en estudios de laboratorio que hayan señalado varios otros cambios preocupantes, como E484K, y la misma mutación L452R ha aparecido en otras partes de los Estados Unidos y no ha crecido rápidamente, dijo Jeffrey Barrett, genetista estadístico en Wellcome Sanger Institute en Hinxton, Reino Unido. “Probablemente, no sea problemático. Es cuestión de esperar y observar”, afirmó.

Cómo predominarán las variantes es una incógnita, pero, a medida que aumenta la vacunación, las variantes susceptibles como B.1.1.7 podrían disminuir, mientras que aquellas que pueden evadir parcialmente la inmunidad podrían provocar brotes regionales. “No creo que vayamos a tener años de variantes de Nueva York o California”, auguró Barrett. Averiguar lo que está sucediendo dependerá no solo de secuenciar más muestras, sino también de desarrollar la capacidad para entenderlas.