Burruyacu, que en quechua significa "aguada de los burros", nació alrededor de un fortín, que luego fue convertido en una posta de mensajería. A fines del siglo XVII, cuando la región pertenecía al curato rural del Valle de Choromoro, la zona era regada por las vertientes y hasta allí llegaban a beber los animales de carga. En 1877, la población era de 200 habitantes (hoy tiene más de 33.000) y ya había comercios, escuela y una iglesia.

A la actividad agropecuaria se sumó la extensión del ramal ferroviario que, en 1930, marcó el progreso de la zona. En 1976, Burruyacu logró su rango de Municipalidad.