El primer round.- Desde que el kirchnerismo es gobierno en la Argentina (2003), la Iglesia mantuvo una firme postura en contra de los índices de pobreza e indigencia que suele anunciar el Indec, intervenido por el Poder Ejecutivo. La cúpula eclesiástica sostiene que el Gobierno esconde los verdaderos índices para minimizar la cantidad de pobres que existen en el país, y destacar que ello es el resultado de la política económica implementada. Incluso, la Iglesia protestó airadamente contra la intervención del organismo estadístico.
El segundo round.- Las relaciones también han sido tensas a partir del conflicto suscitado en febrero de 2005 por los dichos del por entonces obispo castrense, monseñor Antonio Baseotto, quien, criticando la posición del ministro de Salud, Ginés González García, favorable a la despenalización del aborto, le envió al ministro una carta en la que decía, entre otras cosas: "cuando usted repartió profilácticos a los jóvenes, recordaba el texto del Evangelio donde Nuestro Señor afirma que ?los que escandalizan a los pequeños merecen que le cuelguen una piedra de molino al cuello y lo tiren al mar?...". El entredicho terminó con la destitución del capellán.
El tercer round.- Como el cardenal Jorge Bergoglio representa el "ala" más dura de la Iglesia en sus críticas a las políticas públicas, y en especial por el alto nivel de corrupción, el Gobierno decidió no asistir al Tedeum patrio, una ceremonia tradicional que se celebra en la Catedral Metropolitana -a cargo del propio Bergoglio- o en la principal iglesia del interior del país adonde concurre el jefe de Estado. Esta pelea la inició Néstor Kirchner y la continuó su esposa, Cristina Fernández.