Las obras de restauración de la iglesia de San Francisco forman parte del paisaje cotidiano en el microcentro. El templo, que fue usado como cuartel del Ejército del Norte que comandaba el creador de la Bandera nacional, Manuel Belgrano, y también como hospital de heridos en 1812, cuando se produjo la batalla de Tucumán, fue declarado monumento histórico nacional en 1964. Se encuentra clausurado desde hace cinco años y los arreglos se van llevando a cabo lentamente pero sin pausa. Según se informó, para la siguiente etapa se necesitan $ 86 millones. Hasta ahora, los fondos para la reparación se han conseguido con recaudación que logra una comisión de revalorización del templo y aportes de la Municipalidad de San Miguel de Tucumán.
La iglesia de San Francisco es la más antigua de Tucumán. Está ubicada en lo que la arquitecta Olga Paterlini de Koch llama la manzana más valiosa de la ciudad histórica. En este edificio están todos los estratos de las distintas épocas de la vida urbana y arquitectónica de la ciudad, desde 1685, cuando llegaron los jesuitas desde Ibatín y construyeron allí, hasta 1902, con las modificaciones que le hicieron los franciscanos.
El nuevo siglo encontró al edificio con severo deterioro. A partir de 2005 la Municipalidad capitalina se sumó al Estado nacional en el tutelaje del conjunto histórico del templo y del convento de la Orden Franciscana. Ese año comenzaron con el acondicionamiento de revoques y pinturas exteriores y la renovación de la iluminación exterior. En 2009, la Dirección Nacional de Arquitectura y la Municipalidad elaboraron el plan general de restauración, que se fue ejecutando por etapas, abarcando cubiertas de naves y cúpula y consolidación del suelo para frenar los asentamientos y saneamiento de desagües pluviales y cloacales. Varias de estas tareas quedaron inconclusas. En 2021 se elaboró el proyecto de conservación y restauración de la fachada, gestionado por la Comisión de Puesta en Valor del Patrimonio Cultural de Tucumán (en la que intervienen 20 instituciones, públicas y privadas). El trabajo se hizo con donaciones de la comunidad y de la Orden de Frailes Menores Franciscana. Los últimos informes dan cuenta también de la renovación de capiteles, la renovación del campanario y la parte superior de la fachada.
Cada tanto se gestionan avales de la Comisión Nacional de Monumentos Históricos pero ha sido el aporte municipal el que ha ayudado en estos años. La intendenta electa se comprometió a continuar con esta labor y el 9 de julio visitó con el templo el ministro de Cultura de la Nación. Sería importante que hubiera un compromiso sostenido en el tiempo por parte de los organismos nacionales, y más precisión y sostén en la vinculación que puede tener la provincia con el patrimonio, de modo que su conservación no dependa de la buena voluntad de las autoridades o de las donaciones de particulares. San Francisco ya lleva al menos dos décadas de problemas, cinco años de clausura y por ahora no se avizora el momento en que pueda ser abierto a la gente.