Un reclamo que viene desde 1985.- Una de las primeras noticias sobre la necesidad de restaurar San Francisco se remonta a enero de 1985. En esa oportunidad, el editorial de LA GACETA titulado “Iglesia histórica en peligro” indicaba que el templo se hallaba en riesgo de derrumbe. “Los técnicos opinan que el estado de conservación del templo, que ha sufrido en tantos años muchos cambios y remodelaciones, es crítico. La restauración requiere considerables fondos y se ha solicitado el apoyo de la Comisión Nacional de Monumentos Históricos”, señalaba la nota. La humedad ya había provocado la pérdida de las pinturas murales, especialmente en la sacristía, donde están los trabajos del artista italiano Aristene Pappi (datan de 1925); hoy casi destruidos. Sobre la mesa de la misma sacristía siempre hay trozos de argamasa que caen del techo, tal como sucede hoy.
Los primeros trabajos de restauración.- La Dirección Nacional de Arquitectura viene trabajando en el templo desde la década de 1970. Se ejecutaron trabajos parciales de renovación de la instalación eléctrica, restauración de entrepisos del coro y cubiertas del claustro nuevo, restauración parcial de revoques y pintura exterior, consolidación de sector norte del convento y veredas.
Dos de cinco etapas de refacción.- A principios de este siglo se comenzó la elaboración de un Plan General de Restauración y Puesta en Valor de todo el conjunto. Las obras fueron encabezadas por la municipalidad de la capital tucumana con el apoyo de la Dirección Nacional de Arquitectura. Se ejecutaron dos de las cinco etapas previstas desde un comienzo.
Los trabajos hechos hasta ahora.- Entre los años 2009 y 2010, la primera etapa consistió en la restauración general de cubiertas del templo, el bloqueo de humedad en muros y pilares, y restauración de fachadas del templo y del convento. En 2013 y 2014 se consolidó la capacidad portante del suelo, se sanearon los desagües y se renovó la instalación sanitaria.